学校设立董事会，校董会作为最高决策机构，实行董事会领导下的校长负责制。校董会由致力于国际化的现代高等教育事业、具有先进办学理念的国内外知名人士，以及政府部门代表等组成，对学校发展规划等重大事项进行科学决策。

　　同时设立监事会、顾问委员会、校务委员会、学术委员会和学位委员会等，按照章程和相关规定开展活动，形成董事会和校长依法行使职权、教师治学、民主管理、社会参与的大学治理体系。同时，学校将依法设立中共西湖大学委员会，党委书记通过参加董事会、校务委员会，参与学校重大事项的决策。

　　据相关负责人介绍，西湖大学的经费主要来源于社会捐赠、办学收入、竞争性科研项目经费及人才政策支持经费和政府扶持资金等。特别是创办初期，政府给予了政策和资金上的大力支持，学校正常运行后，经费将主要由杭州市西湖教育基金会承担。

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