苏丹首都喀士穆军队总部外示威的群众

苏丹政变仅过去三天不到，在当地民众的强烈抗议下，军政府不得不采取行动平息众怒。4月12日，上任一天的苏丹过渡军事委员会主席阿瓦德·伊本·奥夫（Awad Ibn Auf）宣布辞职。13日，委员会宣布解除宵禁，并将组建新的文官政府，“保护人民需求”。

12日，原苏丹国防部长伊本·奥夫在国家电视台发表电视讲话，宣布“为了国家利益”辞职，由阿卜杜勒·法塔赫·布尔汉（Abdel Fattah Abdelrahman Burhan）接任主席一职。伊本·奥夫表示，辞职是为了维护武装部队的团结。但抗议者领袖提出，直到军方将国家统治权交给民选政府之前，他们都不会停止抗议示威活动。

11日，伊本·奥夫发表电视讲话称，军方已经逮捕总统巴希尔并推翻他领导的政府，过渡军事委员会将代为管理国家，2年后举行总统选举。当天晚些时候他宣誓就任过渡军事委员会主席。

现年62岁的伊本·奥夫自2003年达尔富尔战争后开始担任军事情报机构的领导人，2009年2月起担任苏丹第一副总统。2007年，美国对伊本·奥夫发动制裁。新上任的布尔汗也是苏丹军方的重要人物，但美联社称他的履历比苏丹其他军方高官要干净得多。

同一天，苏丹国家情报与安全局局长萨拉赫·阿卜杜拉（Salah Abdallah Gosh）也提出辞职申请，并获得布尔汉批准。《纽约时报》报道称，萨拉赫·阿卜杜拉是苏丹国内除巴希尔外权力最大的人物，也和巴希尔一样不得民心，很多示威者要求解散国家情报与安全局。

伊本·奥夫宣布辞职的消息公布后，苏丹首都喀土穆的街头爆发出一片欢呼声，但抗议活动仍继续进行，并有数十万人参加。他们反对军方夺取政权，并要求建立一个平民过渡政府。

13日，苏丹过渡军事委员会下属政治委员会主席奥马尔·扎因·阿卜丁（Omar Zein Alabedin）在记者会上说，将与苏丹各政党协商后组建过渡文职政府，过渡军事委员会今后不会干预文官政府，但国防部长和内政部长两个职位将由过渡军事委员会掌控。阿卜丁表示，军队”没有牢牢掌握权力的野心"，目的只是为过渡阶段提供安全保障。按照他的说法，如果没有出现混乱局面，至多2年的政治过渡期可能大大缩短。

阿卜丁还表示，过渡军事委员会不会向国际刑事法院引渡巴希尔；他可能在国内接受审理。伊本·奥夫11日说，巴希尔现在接受拘押，身处一个“安全地点”。

国际刑事法院2009年3月以涉嫌战争罪、反人类罪等罪名对巴希尔发出通缉令，遭到一些非洲国家谴责。2015年，国际刑事法院要求东道国南非在巴希尔出席第25届非州联盟峰会期间实施抓捕，遭到南非政府拒绝。