不久，成吉思汗允准丘处机辞行回国，指示文武百官，备齐美酒佳肴、珍奇鲜果，在城外数十里，夹道为之送行。谁知，两人却从此永别。但长春真人丘处机的逆耳忠言，却时时回荡在成吉思汗的耳边。丘处机回到燕京，驻太极宫尊为“大宗师”，被人们称之为“帝者之尊师，亦天下之教父”，受命掌管天下道门。

同年，丘处机曾持旨释放沦为奴隶的汉人和女真人3万余，并解救了大批汉族学者。针对宗教间的相互排斥争斗，丘处机主张三教平等相通互融，自此，全真教盛极一时。成吉思汗又有旨改赐宫名为长春宫，且遣使慰问，诏书中道：“朕常念神仙，神仙毋忘朕也。”

丘处机与成吉思汗的这段渊源被后世的人们很是推崇，特别是对丘处机的评价，赞许极高。中央民族大学牟钟鉴教授评价他说，“以宗教的社会安定功能而言，丘处机不仅是中国道教史上第一人，也是中国宗教史上第一人”，体现了“仁爱无私、尊道贵德、包容通和、坚毅忠勇”的高尚品质。而在史学界是这样对丘处机进行评价的：丘处机以超常的见识和巨大的人格魅力，感动成吉思汗，止杀救民，积无量功德。