趁着这一机会，明朝的天主教徒迅速发展到几千人，在这之中，就有后来大名鼎鼎的德意志人汤若望。崇祯帝和永历帝的太后都很相信天主教，后来明朝灭亡，南明小朝廷大势已去，永历帝的太后还曾经写信给罗马教皇，请求派兵援助，并为明朝祈福。

满清入关后，康熙皇帝不反对民众信奉天主教，于是民间信徒一时间达到几十万之多。直到罗马教皇撤换了中国的传教师，不许教徒崇拜祖先，触犯了康熙皇帝的雷霆之怒。除了遵守利玛窦教义的信徒，其他传教士全部驱逐到澳门，并且严禁人民信教。

天主教在中国的发展也因此陷入了停滞，直到1840年鸦片战争的爆发，西方文明开始大规模进入中国。天主教正式与中国的传统文化开始交锋，北京、广州、上海等地陆续爆发教案，同治九年的天津教案更是震惊中外。中外宗教事务也因此成为影响中国近代史的一部分，而被载入史册。

时至今日，过往的是是非非，也没有意义去争辩，只不过，耶稣会的传教士，尤其是利玛窦和汤若望，为了自己的信仰，漂泊万里来到中国，对中国的进步的确是产生了很大的积极影响，在医药、数学、绘画、天文历法、地理测绘等方面都作出很大的贡献。无论政治影响如何，这些功绩都是历史无法抹除的。