1940年9月14日，因升旗问题，孤军与租界军队发生了冲突，租界当局用自来水和催泪弹将士兵冲散，将国旗降下。此事发生后，白俄士兵被禁止进入营内。9月18日是九一八事变纪念日，当天，马路上有数百民众与营内士兵摇手呼应，因营门无故被锁，孤军士兵何玉湘等向租界白俄守军抗议。这一天，担任孤军营守卫的租界士兵由7岗增到13岗，孤军与民众由此与白俄守卫发生冲突，卫兵米奇亚可夫遂向营内开枪射击，子弹击中何玉湘头部，再击中另一士兵高广云腿部，引发了又一起事端。

战后，1946年10月28日，中国上海法院因此逮捕米奇亚可夫并判处其15年徒刑。

1941年4月24日晨，谢晋元率部出操之际，发现有4名士兵迟到，逐当众予以训斥。因郝鼎诚等4人早已受到日伪方面的利诱，突然袭击谢晋元，以短刀刺其头部、胸部，致使谢晋元重伤去世。团附上官志标上前救援也被刺成重伤。凶手被其他官兵捕获，移解上海公共租界当局法办。

谢晋元

谢晋元及其战友

谢晋元的死讯传出，其部下及上海民众哀痛万分。人们纷纷涌进孤军营瞻仰他的遗体，向其致敬，3天内吊唁人群达25万人之众。4月25日，在谢晋元的遗体告别仪式上，有十万之众为其送行。中外媒体纷纷发文表示哀悼。国民政府于当年5月追赠其为陆军少将。

1941年4月28日，蒋介石发出通电：“谢晋元同志之成仁，为我中华民国军人垂一光荣之纪念，亦为我抗战史上留一极悲壮之史迹，回溯该团长率领八百孤军，坚守闸北，誓死尽职，守护我国旗与最后阵地而绝不撤退，其忠勇无畏之精神，已获举世之称颂。而其留驻孤军营中，为时三载以上，历受艰难，尚能坚毅不移，始终一致，保持我国民革命军人独立自强之人格。此种长期奋斗，实较之前线官兵在炮火炸弹之下，浴血作战，慷慨牺牲，尤为艰苦卓绝，难能而可贵。此次被刺殒命，显为敌伪方面久已蓄意，收买暴徒，下此毒手！而我孤军营之忠勇官兵赤手擒奸，固绝不损其全体之荣誉。谢团长不幸殒命，然其精神实永留人间而不朽。谢团长不仅表现我军人坚贞壮烈之气概，亦为我民族不屈不挠正气之代表。除已优予抚恤外，甚望我全体官兵视为模范，共同景仰，以期无负先烈之英灵，而发所我民族正气之光辉也。”