主要内容

嘌呤生物碱咖啡因是世界上应用最广泛的精神兴奋剂药物，具有多种有益的药理活性。尽管对于咖啡因分子靶点的研究已有几十年的历史，但对咖啡因药理作用的机制理解并不明确。因此许多药物化学项目应运而生，新的蛋白质相互作用不断被发现。2021年5月法兰克福歌德大学药化学研究所联合众药物研究所在JMC上发表了名为The Medicinal Chemistry of Caffeine的综述，该文章介绍了已证实的蛋白质相互作用、结构活性关系和咖啡因的化学生物学的知识。

此外，该文章阐述了咖啡因在受体和酶上分子活性的多样性及促进神经保护作用的几种机制间的复杂相互作用，并强调了新的靶点是药物发现的重要因素。

推荐理由

尽管咖啡因几十年来一直是生命科学的焦点，但咖啡因的未知分子靶点也不断被发现，从而增加了咖啡因的未知药用机制。该文章的相关介绍可以为探索咖啡因的新靶点及作用机制提供帮助。

参考文献

Giuseppe Faudone, Silvia Arifi, and Daniel Merk, The Medicinal Chemistry of Caffeine, Journal of Medicinal Chemistry, 2021, ASAP. DOI:10.1021/acs.jmedchem.1c00261.

原文链接

https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.1c00261

JCTC | 辅助限制脚手架变换模型精确计算结合自由能

主要内容

靶点-药物相互作用的虚拟筛选一直以来都是药物发现过程的一个关键部分。药物化学家通常通过改变环的结构来改变药物支架，从而提高候选药物的结合亲和力并增强候选药物的有利性质。这一过程通常被称为支架跳变。虽然相对结合自由能(RBFE)计算已经成功地预测了结合亲和力的变化，但RBFE计算在支架跳变建模中的应用相对有限，因为该过程涉及到键相互作用，通过计算建模预测该过程十分具有挑战性。为此，2021年5月深圳景泰科技公司联合罗格斯大学综合蛋白质组学研究中心提出了一种处理环开闭收缩膨胀和连接器收缩膨胀的新方法。该方法使用辅助约束限制，在键的断裂和形成过程中，将原子固定在键的末端。

基于大量的化合物，证明了该方法的广泛适用性及较高的精度。此外通过与标准模拟结果的比较，该方法的严格性及准确度也得到了很好的验证。