实现高效换乘，是航站楼的突出特点。北京新机场将建成国内首个高铁下穿，高铁和城际快轨“双进双出”的航站楼。旅客乘坐轨道交通到达新机场航站楼后，可在站厅层乘坐电梯扶梯垂直提升至航站楼出发层，站厅层还可提供各类轨道之间的换乘，换乘效率指标国内领先、国际一流。航站楼流程在全球首次采用双层出发设计，能满足每年7200万人次旅客吞吐量的陆侧车道边需求。部分机位采用国内国际混用，设立中转手续集中办理区。在全球4000万旅客量以上的机场航站楼中，新机场中转效率水平居于世界前列，根据测算，旅客最短中转衔接时间（MCT）与排名第一位的德国法兰克福机场（45分钟）持平。

　　单点放射构型有效控制了航站楼的指廊长度，楼内的分区运行模式又进一步缩短了旅客步行距离，旅客从中心区到最远登机口约600米，步行不超过8分钟。新机场行李系统采用创新式设计，出港行李到近机位的平均距离约230 米，有效缩短值机结柜时间；进港行李平均运送距离为550 米，首件进港行李可在13 分钟内到达，避免旅客长时间等待。

　　航站楼的正下方聚集着高铁、地铁等轨道交通线，六条轨道纵贯穿越整个机场，特别是高铁过站时，时速将达到250公里以上。

　　为确保新机场航站楼工程的抗震安全性，航站楼中心区采用了隔震技术，共设置厚度50公分的隔震支座1152个。通过区间隔震技术，将上部结构与下部结构形成柔性连接，减缓轨道快速穿过震动对上部结构的影响，解决了高铁不减速穿越航站楼的世界性难题。建成后的北京新机场航站楼，将成为全球最大的单体隔震建筑。